Rubicon血浆游离DNA检测试剂盒ThruPLEX Plasma-seq Kit

Rubicon Genomics成立于2000年，总部位于美国密歇根州。该公司的核心竞争力产品包括酶学、核酸化学、样品的加工生产，该公司致力于创新、知识产权的发展和持续的产品开发。

Rubicon Genomics开发创新、高品质的、核酸文库的制备及配套产品，ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit能够对临床样本进行简单、快速可靠和高灵敏度的分析。

RB4490 血浆游离DNA检测试剂盒产品说明：

ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit基于ThruPLEX技术，并用于血浆来源cfDNA高品质NGS文库构建。Rubicon血浆游离DNA检测试剂盒ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit属于胎儿染色体非整倍体检测试剂盒，含有靶向基因检测试剂，该试剂专门针对cfDNA进行优化，在保持样本GC代表性的基础上，提升了文库的信息容量。文库构建后可用于CNV分析、全基因组测序分析或是采用一些panel针对目标区域进行捕获富集后的DNA分析,如Agilent SureSelect® and Roche NimbleGen SeqCap® EZ。ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit应用于无创产前基因检测、肿瘤无创检测、cfDNA血浆游离DNA检测 。

血浆样品采用ThruPLEX Plasma-seq试剂盒制备文库，能有更好的灵敏度、更准确的基因变异分析结果。与其它液态活检的样品一样，血浆由于其易获得、价值高的特点，深受研究肿瘤学或者孕妇血浆中胎儿游离DNA科研工作者的重视。

ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit可与以杂交为基础的靶序列富集系统组合使用。

1个反应管、2小时、3步反应的简单操作（其中手动操作只需要15分钟），无中间纯化步骤，无样品转移是必要的，从而防止处理错误和有价值样品的损失。

RB4490 血浆游离DNA检测试剂盒应用：

• 胎儿染色体非整倍体检
• 无创产前基因检测
• 肿瘤无创检测
• cfDNA血浆游离DNA检测

RB4490 血浆游离DNA检测试剂盒订购信息

品牌     Code No.  Takara No. 包装量    产品名称

Rubicon R400490     RB4490 12 Rxns  ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit

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提供产品：华雅干细胞致力于为中国干细胞领域的干细胞科学研究、脐带血/造血干细胞/脐带/脂肪/胎盘干细胞库、干细胞临床转化医学、干细胞美容及干细胞抗衰老、免疫细胞治疗、T细胞治疗、临床干细胞治疗等再生医学和个体化治疗产业链的相关客户提供：MSC间充质干细胞培养基、iPS/ES胚胎干细胞培养基、血清替代物、羊水培养基、基底膜基质胶细胞支架、干细胞生长分化调控因子、BioMarker 流式检测抗体、支原体检测试剂盒、内毒素检测试剂盒、干细胞存储细胞冻存袋、细胞培养瓶、USP级DMSO二甲基亚砜细胞冻存液、细胞培养相关试剂耗材仪器等种类丰富的产品，以“Focus on improving the quality of Stem Cells专注干细胞研究，提升干细胞品质”为己任，我们与客户携手为中国干细胞产业的发展而前行。

RB4490 血浆游离DNA检测试剂盒产品组成

• 模板准备缓冲液（红色）
• 模板准备酶（红色）
• 文库合成缓冲液（黄色）
• 文库合成酶（黄色）
• 文库扩增缓冲液（绿色）
• 文库扩增酶（绿色）
• 无核酸酶水
• 索引试剂（蓝色）
• 使用方法

RB4490 血浆游离DNA检测试剂盒原理

ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit基于Rubicon Genomics的ThruPLEX技术，含有靶向基因检测试剂。与其它基于Y型适配器连接的NGS图书馆准备工具不同，ThruPLEX使用茎环适配器在快速高效的工作流程中构建高质量的库。在*步，模板制备时，修复无细胞DNA（cfDNA）并产生具有钝端的分子。在下一步中，具有封闭的5'端的衔接子以高效率连接到cfDNA的5'末端，留下切口目标片段的3'末端。适配器不具有单链突出端并被阻止相互结合，这两者都有助于与许多其他NGS发现的非特异性背景准备工作。在zui后一步中，扩增cfDNA的3'末端以完成文库合成和光合作用索引通过高保真放大增加。任何剩余的免费适配器被销毁。ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit通过使用单管协议并消除实际操作时间和污染风险zui小化。

Rubicon血浆游离DNA检测试剂盒ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit属于胎儿染色体非整倍体检测试剂盒，含有靶向基因检测试剂，适用于无创产前基因检测、肿瘤无创检测、cfDNA血浆游离DNA检测。

RB4490 血浆游离DNA检测试剂盒工作流程：

• 模板准备有效修复输入的无细胞DNA；
• 用于连接Rubicon Genomics的茎环适配器的文库合成；
• 用于扩展模板的库扩增，茎环接头的切割以及放大文库，还使用高保真度引入与Illumina兼容的索引，低偏差DNA聚合酶。  

图1. ThruPLEX^® 技术概要。

（*图片来源于Takara Bio USA,Inc.）

ThruPLEX Plasma-seq Kit技术3步反应即可完成针对cell free DNA的建库工作。1~30 ng含量的cf DNA首先高效的进行末端修复。通过采用茎环形接头（无单链尾巴）进行高效平端连接，降低了背景。封闭的5’端阻止了接头-接头二聚体形成。随后未使用的接头被降解，进一步降低背景。高保真度扩增的方式完成以上反应，并获得含有illumina index的文库。

图2. 高cfDNA文库多样性、更少的Unmapped Reads。ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit构建的文库，具有高的多样性和低的duplicates和unmapped reads。

（*图片来源于Takara Bio USA,Inc.）

图中针对0.1ng、1ng、30ng的cell-free DNA，使用ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit、A公司试剂盒和C公司试剂盒制备文库，文库定量采用Qubit荧光定量。Bioanalyzer测定mononucleosomal DNA在各样品的量分别为0.09 ng、0.62 ng、15.44 ng。Pooled libraries采用illumina NextSeq 500 paired end模式测序，每个样品得到约17-25 M read(PE)。每个文库在down-sampling数据至17 M reads以后，计算Duplication rates。重复read比例以每个样品17M计算。

ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit与其他公司试剂盒相比，针对不同input量，使用本试剂盒制备的文库相比其他公司试剂盒制备的文库，本试剂盒制备的文库的多样性（左图）是zui高的，重复read的比例（中间图）、unmapped read的比例（右图）较其他公司低。通过使用本试剂盒，input量很低时也可制备得到高品质的文库。在无创产前基因检测、肿瘤无创检测、cfDNA血浆游离DNA检测等领域ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit优于其他产品，深受胎儿染色体非整倍体检测和肿瘤学科研工作者的重视。

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提供产品：华雅干细胞致力于为中国干细胞领域的干细胞科学研究、脐带血/造血干细胞/脐带/脂肪/胎盘干细胞库、干细胞临床转化医学、干细胞美容及干细胞抗衰老、免疫细胞治疗、T细胞治疗、临床干细胞治疗等再生医学和个体化治疗产业链的相关客户提供：MSC间充质干细胞培养基、iPS/ES胚胎干细胞培养基、血清替代物、羊水培养基、基底膜基质胶细胞支架、干细胞生长分化调控因子、BioMarker 流式检测抗体、支原体检测试剂盒、内毒素检测试剂盒、干细胞存储细胞冻存袋、细胞培养瓶、USP级DMSO二甲基亚砜细胞冻存液、细胞培养相关试剂耗材仪器等种类丰富的产品，以“Focus on improving the quality of Stem Cells专注干细胞研究，提升干细胞品质”为己任，我们与客户携手为中国干细胞产业的发展而前行。

图3. 优异的靶向测序文库构建能力。

（*图片来源于Takara Bio USA,Inc.）

图中所示ThruPLEX Plasma-seq Kit构建的文库通过panel进行高效捕获，对kinome进行深度测序分析以检测突变。分别以5 ng、6.5 ng、10 ng 3个血浆样品为起始建库量，三次重复。目标区域经SureSelectXT2的ClearSeq Human DNA Kinome Panel进行捕获，并用Illumina Miseq平台进行测序，每个文库约获得5 M reads，目标碱基被成功捕获分析。在30x覆盖度时，平均77%的碱基被覆盖。 

图4. 高重复性的、无偏倚的GC覆盖度。

（*图片来源于Takara Bio USA,Inc.）

针对人类基因组，ThruPLEX Plasma-seq Kit表现出高再现性、低偏倚GC覆盖度NGS文库构建能力。9次独立的血浆样品文库构建的实验结果表明，ThruPLEX重复性高于其它产品。文库的制备是利用的1 mL血浆来源cfDNA，后续采用illumina NextSeq 500进行测序。作为对比，NEBNext Ultra构建了4份独立血浆样品的文库。

图5. Karolinska协会和CRUK测试的结果。

（*以上数据来源于Karolinska 协会，瑞典）

5 ng游离cf DNA采用ThruPLEX Plasma seq Kit进行illumina文库构建。结果表明利用Hiseq平台进行的Low-pass WGS,每个文库能获得接近12.5 M reads。深受无创产前基因检测、肿瘤无创检测、cfDNA血浆游离DNA检测科研工作者的重视。 

ThruPLEX® Plasma-seq Kit 胎儿染色体非整倍体检测试剂盒

• 专为cfDNA设计：经过优化的修复及连接试剂
• 高品质NGS文库：在宽广的GC含量范围内，可以达到高检测再现性
• 起始量范围广：＜1 ng到30 ng cfDNA量
• 快速简便：无需纯化或样品转移的单管、2小时、3步操作步骤
• 应用领域：液态活检、ctDNA、目标区域测序等领域文库构建
• 兼容自动化平台：Beckman® FXP Workstation
• Rubicon RB4490/R400490 ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit 血浆游离DNA测序试剂盒应用于：胎儿染色体非整倍体检测试剂盒、无创产前基因检测、肿瘤无创检测、cfDNA血浆游离DNA检测 、靶向基因检测试剂。

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