产品名称：扩增试剂盒 PicoPLEX Single Cell WGA Kit
产品货号：R300722 产品说明： 扩增试剂盒 PicoPLEX Single Cell WGA Kit可以从单细胞扩增DNA，获得高度可重复的文库。细胞裂解和预扩增后，进行低背景的PCR扩增，并在3小时内获得微克级产物。
除了延续之前PicoPLEX WGA Kit可进行高度可重复的拷贝数变异（CNV）分析外，该试剂盒通过使用高保真酶，尽可能减少扩增误差，并能检测单核苷酸变异（SNV）。 | | | 产品特点： - 单细胞基因组扩增, 产物用于芯片和PCR分析
- 单细胞研究结果可高度重复（或 <15 pg DNA）
- 可高度重复性地检测基因组拷贝数变异（CNV）和非整倍性
- 易于使用和高度自动化
- 在所有分辨率下，结果清晰
- 应用包括但不限于 PGS/PGD 和 CTC(circulating tumor cell) 分析
| | | 产品对比： | 表1 .使用PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3进行高质量单核苷酸变异（SNV）检测 |  | | | | 以单细胞 (1cell) 和5个细胞 (5 cells) 的GM12878细胞系 (Coriell研究所) 起始 (一式两份)，分别使用PicoPLEX WGA v3,A公司试剂盒和B公司试剂盒，以及bulk gDNA对照制备全基因组扩增产物，进行SNV检测的比较。其中B公司试剂盒虽然制备了足够的扩增产物，但只有5 cells样本中一个包含足够的扩增子进行测序，而其他样本无可用数据进行测序。根据Genome In a Bottle (GIB) 和hg19 (human Genome assembly GRCh37, Ensembl) 数据库的交叉分析，预计GM12879细胞系总共存在78个SNVs。由于扩增子的设计，2×75 bp的读取长度很短，78个SNVs中的4个未能检测到。因此，检测的SNV总数减少到74个。使用VarDict软件，以≥10reads (10X coverage) 和等位基因频率≥20％为基准从BAM文件分析SNV。与其他两个公司试剂盒相比，PicoPLEX WGA v3具有更高的call rates和更低的等位基因丢失率。 | | （数据来源于Takara Bio USA, Inc.） | | |  | | 图2. 基于PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3的CNV检测 | | | | 以来自不同细胞系(GM22601、GM05067和GM12878)的单细胞起始，使用PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3扩增基因组。之后取1ng的扩增产物，使用Illumina Nextera XT Kit制备文库，并在Illumina MiSeq（PE 75）进行测序。对Fastq文件去除接头序列信息后，与human genome assembly GRCh37进行比对。只分析常染色体。对于这两个panels，校准归一化至100万reads，使用bedtools 2.25.0计算每1 Mb的 bin的reads数。使用Integrative Genomics Viewer (IGV)绘制bin counts的log2 ratio (Sample/Reference)。PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3还显示了可以高品质的进行染色体异倍性分析。 | | |  | | 图3. PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3的全基因组覆盖范围的重现性高 | | | | 以GM12878的单细胞样本起始（一式两份），分别使用PicoPLEX WGA v3，A公司试剂盒和B公司试剂盒扩增基因组。之后取1ng的扩增产物，使用Illumina Nextera XT Kit制备文库，并在MiSeq（PE 75）进行测序。然后与human genome assembly GRCh37进行比对，归一化至1M reads (0.5M paired-end reads)后，使用bedtools 2.25.0计算每个1 Mb的bin的reads数。对这两个单细胞文库的每个窗口的total read进行绘制，计算Pearson和Spearman相关性并在每个图中标明。 | Panel A. 包含异常值的样本。*由于不同技术存在不同的偏差，没有排除相关点，所以图表的比例不同。
Panel B. 排除异常值的样本。与A公司和B公司试剂盒相比，PicoPLEX WGA v3具有更高的重现性和覆盖度。 | | （数据来源于Takara Bio USA, Inc.） |
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