| | | |  | | 图1. 基于PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3的CNV检测 | | | | 以来自不同细胞系(GM22601、GM05067和GM12878)的单细胞起始，使用PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3扩增基因组。之后取1ng的扩增产物，使用Illumina Nextera XT Kit制备文库，并在Illumina MiSeq（PE 75）进行测序。对Fastq文件去除接头序列信息后，与human genome assembly GRCh37进行比对。只分析常染色体。对于这两个panels，校准归一化至100万reads，使用bedtools 2.25.0计算每1 Mb的 bin的reads数。使用Integrative Genomics Viewer (IGV)绘制bin counts的log2 ratio (Sample/Reference)。PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3还显示了可以高品质的进行染色体异倍性分析。 | | |  | | 图2. PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3的全基因组覆盖范围的重现性高 | | | | 以GM12878的单细胞样本起始（一式两份），分别使用PicoPLEX WGA v3，A公司试剂盒和B公司试剂盒扩增基因组。之后取1ng的扩增产物，使用Illumina Nextera XT Kit制备文库，并在MiSeq（PE 75）进行测序。然后与human genome assembly GRCh37进行比对，归一化至1M reads (0.5M paired-end reads)后，使用bedtools 2.25.0计算每个1 Mb的bin的reads数。对这两个单细胞文库的每个窗口的total read进行绘制，计算Pearson和Spearman相关性并在每个图中标明。 | Panel A. 包含异常值的样本。*由于不同技术存在不同的偏差，没有排除相关点，所以图表的比例不同。
Panel B. 排除异常值的样本。与A公司和B公司试剂盒相比，PicoPLEX WGA v3具有更高的重现性和覆盖度。 |
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