品牌 | TaKaRa | 供货周期 | 现货 |
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应用领域 | 医疗卫生,生物产业 | | |
Clontech现货 单细胞扩增试剂盒
产品名称: PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3 产品货号:R300718
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PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3 |
· 单细胞(或<15 pg DNA)起始,可获得可重复的结果 · 等位基因再现性 · 易于使用和自动化 · 应用广泛,可以用于微阵列,PCR等 |
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PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3 (PicoPLEX WGA v3)可以从单细胞扩增DNA,获得高度可重复的文库。细胞裂解和预扩增后,进行低背景的PCR扩增,并在3小时内获得微克级产物。 除了延续之前PicoPLEX WGA Kit可进行高度可重复的拷贝数变异(CNV)分析外,该试剂盒通过使用高保真酶,尽可能减少扩增误差,并能检测单核苷酸变异(SNV)。 |
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| |  | 图1. 基于PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3的CNV检测 | | 以来自不同细胞系(GM22601、GM05067和GM12878)的单细胞起始,使用PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3扩增基因组。之后取1ng的扩增产物,使用Illumina Nextera XT Kit制备文库,并在Illumina MiSeq(PE 75)进行测序。对Fastq文件去除接头序列信息后,与human genome assembly GRCh37进行比对。只分析常染色体。对于这两个panels,校准归一化至100万reads,使用bedtools 2.25.0计算每1 Mb的 bin的reads数。使用Integrative Genomics Viewer (IGV)绘制bin counts的log2 ratio (Sample/Reference)。PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3还显示了可以高品质的进行染色体异倍性分析。 | |  | 图2. PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3的全基因组覆盖范围的重现性高 | | 以GM12878的单细胞样本起始(一式两份),分别使用PicoPLEX WGA v3,A公司试剂盒和B公司试剂盒扩增基因组。之后取1ng的扩增产物,使用Illumina Nextera XT Kit制备文库,并在MiSeq(PE 75)进行测序。然后与human genome assembly GRCh37进行比对,归一化至1M reads (0.5M paired-end reads)后,使用bedtools 2.25.0计算每个1 Mb的bin的reads数。对这两个单细胞文库的每个窗口的total read进行绘制,计算Pearson和Spearman相关性并在每个图中标明。 | Panel A. 包含异常值的样本。*由于不同技术存在不同的偏差,没有排除相关点,所以图表的比例不同。 Panel B. 排除异常值的样本。与A公司和B公司试剂盒相比,PicoPLEX WGA v3具有更高的重现性和覆盖度。 |
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